گوتفرید کلر در ۱۹ ژولای سال ۱۸۱۹ در محیط خرده بورژوایی شهر زوریخ متولد شد. پدر وی رودُلف کلر خراط و مادرش الیزابت شوایتسر دختر یک پزشک بود. در سال ۱۸۲۴ هنگامی که گوتفرید فقط پنج سال داشت، پدرش در اثر مرگی زود هنگام از دنیا رفت. او یک سال بعد به مدرسه رفت و تا سال ۱۸۳۴ در مدارس مختلفی مشغول تحصیل بود. درسال ۱۸۲۶ مادر وی با یکی از همکاران خود به نام هینریش ویلد ازدواج کرد. زندگی مشترک این دو تا سال ۱۸۳۴ ادامه داشت و پس از آن از یکدیگر جداشدند.