گوتفرید کلر در ۱۹ ژولای سال ۱۸۱۹ در محیط خرده بورژوایی شهر زوریخ متولد شد. پدر وی رودُلف کلر خراط و مادرش الیزابت شوایتسر دختر یک پزشک بود. در سال ۱۸۲۴ هنگامی که گوتفرید فقط پنج سال داشت، پدرش در اثر مرگی زود هنگام از دنیا رفت. او یک سال بعد به مدرسه رفت و تا سال ۱۸۳۴ در مدارس مختلفی مشغول تحصیل بود.
درسال ۱۸۲۶ مادر وی با یکی از همکاران خود به نام هینریش ویلد ازدواج کرد. زندگی مشترک این دو تا سال ۱۸۳۴ ادامه داشت و پس از آن از یکدیگر جداشدند.
در سال ۱۸۳۱ کلر وارد موسسه ی نوجوانان شهر زوریخ شد و تا سال ۱۸۳۳ در آنجا بود. همان سال در مدرسه ی صنعتی شهر زوریخ مشغول به تحصیل شد. یک سال بعد به علت آن که در راس گروهی از دانش آموزان در مدرسه آشوب به پا کرده بود، اخراج شد. این اتفاق آغاز دوره ای است که او از آن به عنوان «دوران منفور» یاد می کند؛ چون در این مدت مجبور بود بدون آموزش شخص دیگری به مطالعه و کسب معلومات بپردازد.
اولین آثار او به صورت نوشته هایی همراه با مناظر طبیعی در سال ۱۸۳۴ شکل گرفت و در همین سال به کارآموزی در رشته ی لیتوگرافی پرداخت. دو سال بعد نامه نگاری و مطالعه در زمینه ی زیست شناسی را با دوست هنرمند خود یوهان مولر آغاز کرد.
در تابستان سال ۱۸۳۷ با نقاشی به نام رودلف مُیِر آشنا شد و از نوامبر همان سال تا مارس سال۱۸۳۸ نزد او در زمینه ی نقاشی آموزش دید.
روز ۱۴مه همان سال معشوقه ی جوان او، هنریته کلر، که دختر عموی او نیز بود؛ درگذشت.
دو سال بعد در ۲۶ آوریل برای دیدن دوره های آموزشی در رشته ی نقاشی راهی مونیخ شد. اما به علت مشکلات مالی از تحصیل در آکادمی بازماند و برای مدت کوتاهی نزد شویتسر، نقاشی که مناظر طبیعی را در آثارش ترجیح می داد و از بستگان دور مادر او بود، آموزش دید. در آگوست همین سال به مرض تیفوس مبتلا شد.
در نوامبر سال ۱۸۴۲ به زوریخ، نزد مادر خود برگشت و در بهار سال بعد مجدداََ مطالعات زیست شناسی خود را آغاز کرد و اولین شعر های خود را سرود.
در سال ۱۸۴۴ با شاعری به نام فردیناند فرُیلیگراث دوست و با ناشر و نویسنده ای به نام آگوست آدولف لودویک فولن آشنا شد.
در ۸ دسامبر همین سال به خاطر مخالفت با فرقه ی یسوعیان به گروهی از پروتستان های متعصب در شهر لوتسرن پیوست. یک سال بعد اولین مجموعه شعر وی به نام «اشعار یک خودآموخته» (Gedichte eines Autodidakten ) منتشر گردید.
در بهار سال ۱۸۴۶ مجموعه ی کامل اشعار وی تا آن زمان به چاپ رسید. از مارس تا اکتبر سال بعد را در هوتینگن نزد نویسنده ای به نام ویلهلم شولتس گذراند.
در تابستان همین سال رابطه ی عشقی وی با فردی بنام لوئیزه ریتر به شکست انجامید. سپس به کارآموزی در دیوان دولتی شهر زوریخ تحت نظر آلفرد ِاِشر مشغول شد. در سال ۱۸۴۸ بورسیه دولتی دریافت کرد و چهار سال به تحصیل در رشته های تاریخ ، فلسفه و ادبیات در دانشکاه هِیدلبرگ پرداخت.
طی تحصیلش در کلاس های لودویک فویرباخ (۱۸۷۲-۱۸۰۴)، فیلسوف آلمانی شرکت می کرد. فویرباخ از کسانی بود که به انتقاد شدید از عقاید مسیحیت و نفی اساسی عقاید این دین می پرداخت. وی معتقد بود، خدا ساخته و پرداخته ی انسان است و در اصل انسان آرمان های بلند و تمام استعداد های بالقوه ی خود را به بیرون از خود فرا فکنی می کند و نام آن را خدا می گذارد. در نظر او خدا جز خود برتر انسان چیزی نیست. جمله ی معروف «انسان خدای انسان است» نیز از اوست و صاحب نظران فلسفه ی فویرباخ را پایان فلسفه ی کلاسیک آلمان می دانند.
در طول دوران تحصیل، کلر با شخصی به نام هرمان هتنر که در رشته ی تاریخ ادبیات تخصص داشت، طرح دوستی ریخت. در سال۱۸۴۹ از دوستان نزدیک فویرباخ شد و به منزل او می رفت.
کلر تحت تاثیر افکار فویرباخ قرار گرفت و نگرش وی به مسائل دستخوش تحولی بنیادین شد. به گفته ی خود او پس از رابطه با فویرباخ تصویری که از جاودانگی برای او ترسیم شده بود، از بین رفت. از این پس دوران «رئالیسم شاعرانه» ادبیات آلمان (۱۸۹۰-۱۸۵۰) مهم ترین نماینده ی خود، یعنی کلر را پیدا کرد! برای تصور بهتر دورانی که کلر در آن می زیسته، باید گفت که وی دوران رئالیسم، یعنی سال های بین ۱۸۴۸ تا اوایل دوران حکومت اتو فن بیسمارک، رایش دوم آلمان، را تجربه کرده است. در این دوره نخستین نشانه های صنعتی شدن جوامع غربی، پیشرفت های عظیم علوم طبیعی و تکنولوژی ظاهر شد. سرمایه داری اهمیت یافت و میزان مهاجرت به شهرها، به علت وجود فرصت های شغلی بیشتر، افزایش پیدا کرد. سرمایه داران از نظر سیاسی و اجتماعی در رأس امور قرار گرفتند. در واکنش به مشکلات ناشی از پدیده های اجتماعی مذکور جنبش هنری « بیدرمایر» (۱۸۴۰-۱۸۱۵ ) کناره گیری از زندگی جمعی و پرداختن به امور درونی و شخصی را پیشه کرد. در نیمه ی دوم قرن نوزدهم، در کشور تاره پاگرفته ی آلمان، عده ای خواهان تغییرات بنیادین و عده ای از رئالیست ها نیز در پی سازگاری با وضعیت موجود بودند.
در سال ۱۸۴۹، کلر کار نگارش«هینریش خام نظر» (Der Gruene Heinrich ) را نیز آغاز کرد و رابطه عشقی وی با یوهانا کاپ به شکست انجامید. در همین سال با ادوارد فیوگ که بعد ها ناشر آثار او گردید، آشنا شد و دوباره فعالیت های هنری خود را از سر گرفت.
در آوریل سال ۱۸۵۰ عازم برلین شد و به مجامع ادبی فانی لِوالد و کارل آگوست فارنهاگن فن ِانسه راه یافت. سال بعد مجموعه شعر دیگری(Neuere Gedichte) به چاپ رساند. در زمستان این سال به بیماری سختی مبتلا شد. در سال ۱۸۵۳ با ناشری به نام جولیوس لفی دیدار و در ماه دسامبر اولین جلد از مجموعه ی سه جلدی رمان «هینریش خام نظر» را منتشر کرد. در بهار سال بعد کلر پیشنهاد کرسی تدریس و استادی تاریخ ادبیات را در یک دانشگاه فنی رد کرد و در ماه مه سال ۱۸۵۵ پس از پایان نگارش این رمان برای اولین بار آن را بطور کامل به طبع رساند. در این سال رابطه ی عشقی وی با بتی تندرینگ به شکست انجامید.
در آگوست همین سال کار روی پی نوشته های مربوط به مجموعه ی«پنج داستان از زلدویل» ( Fuenf Seldwyler Erzaehlungen) را آغاز کرد و در نوامبر به زوریخ نزد مادرش بازگشت. وی در داستان های خود اغلب به گوشه ای از تاریخ می پردازد و گاهی تا دوران آغاز مسیحیت نیز به عقب بازمی گردد. سال بعد روابط دوستانه ای با گوتفریدزمپر، فریدریش تئودور فیشر، یاکوب بورکهارت، ریشارد واگنر و ماتیلده وزندوک برقرار کرد. کمی بعد اولین مجموعه از کتاب «پنج داستان از زلدویل» و سپس نوول « رومئو و ژولیت در دهکده» (Romeo und Juliet auf dem Dorfe) را منتشر کرد. در ژولای سال ۱۸۵۷ دوستی کلر با پاول هیزه پا گرفت. در دسامبر همین سال کلر پیشنهاد پست دبیری انجمن هنری شهر کلن را رد کرد.
در بهار سال بعد مجموعه داستان «گروه هفت نیکوکار» (Das Faehnlein der Sieben Aufrechten) را منتشر کرد. در سال ۱۸۶۱ کلر به عنوان نخستین نویسنده ی منتخب از سوی مقامات شهر زوریخ برگزیده شد و پست دولتی مهمی به او واگذار شد. سپس همراه مادر و خواهر خود به آپارتمانی سازمانی که از طرف دیوان دولتی در اختیار آنها گذاشته شده بود، نقل مکان کرد.
در روز ۵ فوریه ی ۱۸۶۴ مادر کلر درگذشت. او در این سال داستان های خود به نام «سوء استفاده از نامه های عاشقانه» (Die Missbrauchten Liebesbriefe) را در روزنامه ی آلمانی «رایش تسیتونگ» چاپ می کرد. سپس با زن پیانیستی(نوازنده ی پیانو) به نام لوئیزه شَیدگر فن لانگناو آشنا و شیفته ی او شد. این زن در ۱۲ ژولای سال ۱۸۶۶ خودکشی کرد.
سه سال بعد کلر به دریافت دکترای افتخاری دانشگاه زوریخ نایل شد. سپس با فردی به نام آدلف اکسنر آشنا شد. در سال ۱۸۷۲ مجموعه ی «هفت تذکره» ( Sieben Legenden)که به طور پراکنده بین سال های ۱۸۵۷ تا۱۸۷۱ منتشر شده بود، یکجا به چاپ رسید.
در تابستان همین سال کلر برای اولین بار با ماریه، خواهر کوچک آدلف اکسنر دیدار کرد. وی ضمن اقامت در مونیخ با یاکوب بشتولت که بعدها سرگذشت کلر را به رشته ی تحریر در آورد، آشنا شد. در سپتامبر سال بعد به دعوت ماری و آدلف اکسنر به موندزه سفر و در راه بازگشت در مونیخ گردش کوتاهی کرد. سپس در ماه دسامبر، سه جلد اول مجموعه ی «مردم زلدویلا» (Die Leute von Seldwyla) را در چند نوبت به چاپ رساند. جلد چهارم این مجموعه در سال ۱۸۷۴ منتشر شد.
در همان سال به دعوت ماریه و آدلف اکسنر به وین رفت و از راه مونیخ به شهر خود برگشت. دو سال بعد از مقام خود استعفا و تا آخر عمر به عنوان نویسنده ی آزاد در زوریخ به زندگی ادامه داد.
در ماه مه سال ۱۸۷۶ شروع به مکاتبه با ویلهلم پترسن نمود. سپس با آدلف فری آشنا شد. در ماه اکتبر ضمن اقامت در مونیخ به مکاتبه با فردیناند مُیِر پرداخت. یک ماه بعد « نوول های زوریخ» ( Die Zuericher Novellen) را چاپ کرد. در ماه مارس سال بعد، مجموعه ی کامل «نوول های زوریخ » را چاپ کرد و در این حین با تئودور اشتروم به مکاتبه پرداخت.
در سال ۱۸۷۸ به برن سفر کرد و به عنوان شهروند افتخاری شهر زوریخ معرفی شد. سإل بعد جلد اول تا سوم رمان هینریش بی تجربه تجدید چاپ شد.
در سال ۱۸۸۱ مجموعه ی «اشعار طنز» خود را منتشر کرد. دوسال بعد در ماه نوامبر «دیوان کامل اشعار» خود را به طبع رساند.
کلر در اکتبر سال ۱۸۸۴ با فریدریش نیچه (۱۹۰۰-۱۸۴۴) فیلسوف شهیر آلمانی دیدار کرد.
در ژانویه ی سال ۱۸۸۵ با یاکوب بشتولت قطع رابطه کرد و در برلین با ناشری به نام ویلهلم هرتس برای چاپ مجموعه ی آثارش قرارداد بست. سپس با آرنولد بوکلین رابطه ی دوستانه ای برقرار کرد.
در سال ۱۸۸۶ رمان تاریخی « مارتین زالندر» از کلر به چاپ رسید. وی در این رمان به انعکاس بحران های اقتصادی، سیاسی و اخلاقی دوران گذشته می پردازد. در اکتبر همین سال برای درمان بیماری به بادن سفر کرد.
در اکتبر سال ۱۸۸۸ خواهرش رگولا از دنیا رفت. سال بعد مجموعه آثار کلر در ده جلد به چاپ رسید و ژولای و آگوست سال ۱۸۸۹ را در زلیزبرگ گذراند.
او پس از سال ۱۸۷۶ باقی عمر خود را صرف نویسندگی نمود. وی سرانجام در ۱۶ ژولای سال ۱۸۹۰ پس از یک دوره سخت بیماری که شش ماه به طول انجامید، در شهر زوریخ درگذشت.